菌種鑒定

       16S rDNA是編碼原核生物核糖體小亞基rRNA（16S rRNA）的基因。長度約為1500pb，是細菌分類學研究中最常用、最有用的"分子鐘16S rRNA其大小在1,500 bp左右，所代表的信息量適中，因此是進行分類研究的理想材料。利用16S rDNA兩端的引物PCR擴增未知菌株的16S rRNA基因，并進行DNA測序，與GenBank中的已知序列進行同源性比較后，判定細菌種類，將細菌劃分到屬或種。

      18S rDNA是編碼真核生物核糖體小亞基rRNA的基因序列，序列中既有保守區又有可變區，保守序列區域反映了生物物種間的親緣關系，而高變序列區域則能體現物種間的差異。由于18S rDNA在進化速率上比較保守，因此在系統發育研究中較適用于種以上的分類。轉錄間隔區ITS位于核糖體rDNA 18S、5.8S及28S之間，在進化過程中能夠承受更多的變異，其進化速率為18S rDNA的10倍，屬于中度保守的區域，利用它可研究種及種以下的分類。