SNP分型

SNP全稱Single Nucleotide Polymorphism，即單核苷酸多態性，是指在基因組上單個核苷酸的變異，包括轉換，顛換，插入和缺失，形成的遺傳標記，其數量很多，多態性豐富，有些SNP位點直接影響基因功能，從而導致生物性狀改變。是研究人類家族和動植物品系遺傳變異的重要依據，因此被廣泛用于群體遺傳學研究和疾病相關基因的研究。

分型方法： 

1.連接酶檢測反應法(LDR)：
主要應用連接酶檢測反應 (ligase detection reaction，LDR)技術。即在Taq DNA連接酶的作用下，當左右兩條寡核苷酸探針與目的DNA序列完全互補，并且兩條探針之間沒有空隙時才能發生連接反應，否則連接反應不能進行，最后通過熒光掃描片段長度，實現對SNP 位點的檢測。

原理及實驗流程示意圖

2.SNaPshot法：
SNaPshot是一種以單堿基延伸原理為基礎，采用多重PCR技術對多個已知SNP位點進行遺傳分型的方法。在一個含有測序酶，四種熒光標記的ddNTP，緊挨多態位點5’端的不同長度延伸引物和PCR產物模板的反應體系中，引物延伸一個堿基即終止，經ABI 3730毛細管電泳后，根據峰的顏色可知摻入的堿基種類，從而確定該樣本的基因型，根據峰移動的膠位置確定該延伸產物對應的SNP位點。 

原理及實驗流程示意圖

3. MassArray法：
Sequenom MassArray系統主要是利用基質輔助激光解吸電離飛行時間質譜 (MALDI-TOF MS) 進行分析，即PCR擴增產物或者預處理樣本在延伸單堿基后，將制備的樣品分析物與芯片基質共結晶，將該晶體放入質譜儀的真空管，而后用瞬時納秒 (10-9s) 強激光激發，由于基質分子經輻射吸收能量，導致能量蓄積并迅速產熱，從而使基質晶體升華，核酸分子就會解吸附并轉變為亞穩態離子，產生的離子多為單電荷離子，這些單電荷離子在加速電場中獲得相同的動能，進而在一非電場漂移區內按照其質荷比率得以分離，在真空小管中飛行到達檢測器。

原理及實驗流程示意圖

4.直接測序法：
直接測序法是將待檢測片段進行PCR擴增并直接測序，是SNP檢測方法金標準。純合位點為單峰，而雜合峰為套峰，因而很容易將幾種基因型區分開來。直接測序法不僅可用于對已知位點的檢測，還可用于發現未知的SNP位點。

實驗結果圖

5.Taqman 探針法：
技術原理：在PCR 反應系統中加入2 種不同熒光標記的探針，它們可分別與2個等位基因完全配對。正常情況下，由于探針5′端熒光基團和3′端淬滅基團緊鄰在一起，熒光被淬滅。隨著PCR 的有效進行，與模板完全配對的探針逐步被Taq DNA 聚合酶5′→3′外切酶活性切割，致使探針5′端上的熒光基團與3′端的淬滅基團分離，淬滅效應解除，報告熒光基團被激活；而與模板不能完全配對的探針（代表另一種等位基因）不能被有效切割，故檢測不到熒光信號，通過相應儀器檢測熒光值的變化即可實現SNP位點檢測。

原理及流程示意圖

6.高通量基因測序：

結合多重PCR技術和高通量測序技術，對需要檢測的位點設計特異性引物，在單管內進行多重PCR擴增，不同的樣本以不同的Barcode引物區分?；旌蠘颖竞?，在Ion Proton/illumina 主流測序平臺上，對擴增子進行高通量測序。測序結果使用生物信息學方法，區分不同的樣本，最終獲得每個位點的SNP信息。高通量測序能一次對幾百萬條DNA分子進行序列測定，相比其他的SNP檢測技術，基于高通量測序的SNP分型具有更準確、更靈敏的特點。

客戶提供

1、SNP位點信息：

人類基因組需SNP位點的rs號；其它物種如牛、雞、魚等無rs號的，需SNP位點上下游各200bp的確切序列，SNP位點的突變類型，以及位點的上下游25bp內是否存在其它位點。

2、分型樣品：

（1）若分型樣品為基因組DNA或質粒DNA ，樣品要求：DNA濃度≥20ng/ul，體積>10ul，位點較多的按照1ul/位點計算。純度 OD 260/OD280 在1.7～1.9之間。由于樣品質量差異過大導致的成功率下降，由客戶負責。如果要求提供樣品純化服務，我們對每個樣品將收取純化費。

（2）若分型樣品為血樣，樣本要求：血液樣品，體積大于500ul，需用抗凝劑抗凝，送樣過程中請注意保持低溫，防止DNA降解；血斑樣品，9-25mm2大小的血斑兩個以上。對每個血樣或血斑樣本將收取DNA提取費。

（3）客戶在寄送樣品的時候，應在送樣包裹中放置足量的冰袋，以減少在運輸過程中因溫度變化導致DNA降解的可能。